酿酒是一种对水质有不小要求的操作，主要因为水中的微生物及残留的化学消毒剂甚至重金属都对酿造有一定的影响。
首先，无论是粮食酒还是果酒，都应对原料进行洗涤。中国自古以来都是粮食生产大国，现在粮食的晾晒过程一般都是在马路或者道路边完成的，所以大多数粮食都存在不少灰尘甚至汽车尾气的烟雾残留，洗涤是很有必要的。而对于果酒来说，早期利用葡萄表面的微生物直接发酵也不在适宜现代工业，主要是因为现代农药化肥的使用，及运输过程中可能存在细菌真菌污染。洗涤的作用在于去除原料表面的污垢和农药残留，所以对水质有一定的要求，不然可能造成额外的微生物污染。
    粮食酒发酵之前一般需要对原料进行蒸制，去除粮食中的微生物，再接种曲类，而后续依然要加入水分为酒曲的发酵提供适宜环境，因此新加入的水需要尽量减少无机物和杂菌，因为他们的存在可能对酒曲的发酵有抑制作用。一旦水质太差，引入产生异味的真菌，很可能导致酿酒失败。
现代果酒的发酵已经极少用整果发酵，主要是因为整果发酵不均匀，更广泛的发酵方式是果浆果汁发酵，提前对果实中的种子、果皮等物质进行去除也可从口感上降低高级醇的“上头”和单宁的涩味，还可以提高糖分的利用效率。因此果汁的制备对水质的要求尤其明显。
    当发酵完成后还需要对酒进行过滤澄清和勾兑。在各种古装影视剧和其他现实因素的作用下，“勾兑”这个词似乎已经颇具贬义，但实际上这一步对酒品质和口感的影响不可忽略，尤其是蒸馏酒。不过每个人对酒的品鉴有不同的标准，不可一概而论。在勾兑过程中，主要是为了去除杂味协调香味，在勾兑过程中不仅包含酒与酒的勾兑，更有水的添加，因此勾兑用水必须采用纯净水，不然不仅对口感有影响，还会使酒的存储期限变短，存储后酒质腐败。
    那么，什么样的水才适合酿酒使用呢？仅仅是高温灭菌吗？当然不是，还要对水进行软化和去盐化。现在软化水主要的手段是活性树脂，但是活性树脂软化过程中会释放大量的钠，也就是盐的组成成分，因此在软化水的同时增加了盐，这是得不偿失的。既要做到灭菌，还要去盐，普通的水过滤也难以达标，因此可以采用反渗透过滤水装置。主要是反渗透处理装置是现阶段技术比较成熟，造价低廉，效果优秀的水处理方式。以金海水处理的反渗透装置为例，透过孔径为0.1nm，单级反渗透处理之后的水除盐率可达96%-99%，双级处理设备则效果更好。