系统脱盐率是反渗透系统对盐的整体脱除率，它受到温度、离子种类、回收率、膜种类以及其他各种设计因素的影响，因而不同的反渗透系统的系统脱盐率是不一样的，其计算公式为：

    系统脱盐率=（总的给水含盐量-总的产水含盐量）/总的给水含盐量×100％

    有时出于方便的原因，也可以用下列公式来近似估算系统脱盐率：

    系统脱盐率=（总的给水导电度-总的产水导电度）/总的给水导电度×100％